Önyükleme sektörü sabit diske ait tüm bilgilerin saklandığı ve bir program vasıtası ile işletim sisteminin başlatılmasını sağlayan yerdir. virüs , her açılışta hafızaya yüklenmeyi garantilemek amacıyla kodlarını önyükleme sektörüne yerleştirir. Bu , belki de , günümüzde sayıca azalmalarının da nedeni olmuştur. Programların disketler ile bir bilgisayardan diğerine taşındığı dönemlerde önyükleme virüsleri büyük bir hızla yayılıyordu .Ancak CD-ROM devrinin başlamasıyla , CD-ROM içerisindeki bilgilerin değiştilemez ve kod eklenemez olmasından ötürü, bu tür virüslerin yayılımı durdu. Önyükleme virüsleri hala var olsa da yeni çağ zararlı yazılımlarına nispeten çok nadirler. Yaygın olmamalarının diğer bir sebebi ise işletim sistemlerinin artık önyükleme sektörlerini koruma altına almasıdır. Polyboot.B ve AntiEXE önyükleme virüslerine örnektirler.