Çok parçalı virüsler önyükleme sektörü ve dosya virüslerinin birleşimidir. Bu virüsler CD/DVD ya da disket gibi virüsle enfekte olmuş ortamlar ile gelir ve hafızaya yerleşirler. Akabinde sabit diskin önyükleme sektörüne taşınırlar. Sektörden de sabit diskteki yürütülebilir dosyalara (.exe) bulaşır ve tüm sistem boyunca yayılırlar. Günümüzde çokparçalı virüsler pek bulunmamakta, fakat en parlak çağlarında, farklı bulaşma tekniklerini birleştirmelerinin sağladığı kabiliyetler büyük problemlere neden olmaktaydı. En bilinen çok parçalı virüs Ywinz’dir.