Yerleşik olmayan virüslerin keşfedici modül ile çoğaltıcı modülden oluştukları düşünülebilir. Keşfedici modül virüsün bulaşması için kullanılacak yeni dosyalar aramakla yükümlüdür. Keşfedici modülün karşılaştığı her yürütülebilir dosyaya çoğaltıcı modül çağrılmak suretiyle virüs bulaştırılır.

Basit virüsler için çoğaltıcının görevleri şunlardır:

1. Yeni bir dosya aç
2. Dosyaya önceden virüs bulaştırılıp bulaştırılmadığını kontrol et (eğer bulaştırlımış ise keşfedici modüle geri dön)
3. virüs kodunu yürütülebilir dosyaya tuttur.
4. Yürütülebilir dosyanın başlangıç noktasını kaydet.
5. Yürütülebilir dosyanın başlangıç noktasını yeni eklenen virus kodunun başlatma alanına yönlendir.
6. Eski başlatma alanını virüs yürütülür yürütülmez o alana yayılacak şekilde virüse kaydet.
7. Yürütülebilir dosyadaki değişiklikleri kaydet.
8. virüs bulaşmış dosyayı kaydet.
9. Çoğaltıcı modülün virüs bulaştıracaği dosyalar bulabilmesi için keşfedici modüle geri dön .

Bir virüsün kendini çoğaltabilmesi için virüsün yürütülmeye ve hafızaya yazılmaya izinli olması gerekir. Bundan ötürü birçok virüs kendilerini geçerli programların yürütülebilir dosyalarına tuttururlar. Eğer bir kullanıcı virüs bulaşmış programı başlatmaya kalkarsa, ilk olarak virüsün kodu çalıştırılır. Virüsler yürütüldüklerinde gösterdikleri davranışlara göre iki çeşide ayrılırlar. Yerleşik olmayan virüsler hemen tutunacakları başka konaklar ararlar, bu hedeflere bulaşır ve nihayetinde bulaştıkları programa kontrolü bırakırlar. Yerleşik virüsler yürütülmeye başladıklarında konak aramazlar. Bunun yerine yürütümle birlikte kendilerini hafızaya yükler ve kontrolü konak programa bırakırlar. Bu virüsler arka planda etkin kalarak, virüs bulaşmış program dosyalarına erişen her programın dosyalarına ya da işletim sisteminin kendisine bulaşırlar.

İlk olarak 1948 yılında John Von Neuman tarafından kendini kopyalayabilen bilgisayar programı fikri ortaya atılmıştır.

Elk Cloner adlı bir program labaratuvar ya da bilgisayar dışında üretilmiş olup ilk bilgisayar virüsü olarak tanımlanmıştır. Rich Skrenta tarafından 1982 yılında yazılan virüs Apple DOS 3.3 işletim sistemine bulaşıp disketler vasıtasıyla yayılmıştır. Bu virüs aslında bir lise öğrencisi tarafından hazırlanan bir tür şaka idi ve oyun dosyaları içerisine gizlenmişti. Oyunu 50. çalıştırmada virüs salınıyor ve akabinde boş bir ekranda Elk Cloner adlı virüs hakkında bir şiir gösterilerek bulaşma işlemi tamamlanıyordu.

Bilgisayar virüsü konulu ilk doktora tezi 1983 yılında hazırlandı.

İlk PC (Kişisel Bilgisayar) virüsü (c)Brain adında bir önyükleme sektörü virüsü idi ve 1986 yılında Pakistan’ın Lahore şehrinde çalışan Basit ve Amjad Farooq Alvi isimli iki kardeş tarafından yazılmıştı. Kardeşler virüsü, resmi olarak, yazdıkları yazılımın korsan kopyalarını engellemeye yönelik hazırlamışlardı. Ancak analizciler bir tür Brain türevi (varyant) olan Ashar virüsünün, kodlar incelendiğinde aslında Brain’den önce yaratıldığını iddia etmekteler.

Bilgisayar ağlarının yaygınlaşmasından evvel, birçok virus çıkarılabilir ortamlar, özellikle disketler, vasıtasıyla yayılmaktaydılar. Kişisel bilgisayar devrinin ilk günlerinde birçok kullanıcı bilgi ya da programları disketler ile bir bilgisayardan diğerine taşımaktaydılar. Bazı virusler bu disketlerde bulunan programlara bulaşarak yayılmaktaydılar. Bazıları da kendilerini önyükleme sektörlerine yükleyerek bilgisayar çalıştırılır çalıştırılmaz etkin hale geçmeyi amaçlamaktaydılar.

Geleneksel bilgisayar virüsleri de 1980′lerde kişisel bilgisayarların hızla yayılması sonucunda bilgisayarlı bilgi sistemlerinin ve modemlerin kullanımındaki artış sonucunda yazılım paylaşımı sıklaştı. Bilgisayarlı bilgi sistemleri (BBS) sayesinde yazılımların paylaşımı Truva atlarının yayılmasına katkıda bulunurken, çok kullanılan yazılımları etkileyecek özel virüsler yazılmaya başlandı. Gene paylaşılan yazılımlar (Shareware) ve kaçak yazılımlar, BBS’ler üzerinde virüslerin yayılımı için kullanılan genel taşıyıcılardı. Bir tarafta korsanlar, ticari yazılımların yasal olmayan kopyalarını pazarlarken, iş çevreleri de virüslerin açık hedefleri haline gelmiş güncel uygulamaları ve oyunları güvenli kılmakla uğraşmaktaydılar.

1990′ların ikinci yarısından itibaren Makro virüsler sıklaştı. Bu türden virüslerin birçoğu Word ve Excel gibi birçok Microsoft programını etkileyebilen betik dillerinde hazırlanıyorlardı. Bu virusler Microsoft Office ile yaratılmış belge ve elektronik çizelgelere bulaşmaktaydı. Word ve Excel Mac OS üzerinde de çalışabildiklerinden bu virusler Macintosh bilgisayarlara da yayılmaktaydı. Bu türden virüslerin bir çoğu virus bulaşmış eposta gönderme yetisinde değildiler. Eposta yoluyla yayılım gösteren virüsler Microsoft Outlook Com arayüzününün avantajını kullanmaktaydılar.

Makro virüsler özellikler tespit programları için problem teşkil etmektedir. Örneğin Microsoft Word’ün bazı sürümleri makroların ek boş satırlar ile çoğalmalarına izin vermekteydi. Bazı makro virüslerin de aynı şekilde davranmalarından ötürü normal makrolar yanlışlıkla yeni bir virüs olarak tanımlanmaktaydı. Bir başka örnekte ise iki makro virüsü aynı anda belgeye bulaştığında, ikisinin birleşimi çiftleşme olarak algılanıyor ve muhtemelen ebeveynden ayrı yeni bir virüs olarak tespit ediliyordu.

Bir bilgisayar virüsü hazır mesajlaşma üzerinden de gönderilebilir. virüs bulaştığı makineyi kullanarak bir web adresi linkini kişiler listesindeki tüm şahıslara hazır mesaj olarak gönderebilir. Mesajı alan kişi arkadaşından (ya da herhangi bir güvenilir kaynaktan) geldiğini düşündüğü linke tıklarsa, ulaşılan sitede bulunan virüs bilgisayara bulaşabilir ve yukarıda bahsedilen yöntemi kullanarak diğer kurban bilgisayarlara yayılabilir.

Kasım 2001′de Outlook ve Outlook Express’teki güvenlik açığını kullanan “Badtrans” solucanı, virüslerin bulaşması için virüslü e-posta eklentileri açılmalıdır tezini çürüttü.

Yeni tür bilgisayar virüsleri cross-site betik virüsleridir. virüs araştırmalar sonucunda ortaya çıkarılmış ve 2005 yılında akademik olarak sunumu yapılmıştır. virüs yayılmak için cross-site scripting açığını kullanmakta . 2005 yılından bu yana birçok cross-site scripting virüsü örneği gözlendi. Etkilenen belli başlı siteler arasında Myspace ve Yahoo bulunmakta.